永淳二十五年，方长庚入主内阁，时年五十，是自前朝以来最年轻的内阁大学士。任命期间，方长庚翻译大量西方法律著作，并重新编撰涉外法，修改大昭律，增加程序法条文，鼓励民众诉讼，在法律史上留下浓墨重彩的一笔。

永淳三十五年，方长庚以六十之龄代表大昭再次出访欧美各国以及日本等国家，身边还带了一位女眷，正是徐清猗。

永淳三十七年，方长庚携夫人回国，不顾永淳帝极力挽留告老还乡，与父母、夫人居住云岭老宅，于永淳四十三年逝世，同年，永淳帝驾崩，其子咸宁帝登基。